دیگر امری بدیهی و پذیرفته‌شده است که اگر تحریم‌ها می‌تواند اقتصاد ایران را با معضلات بنیادینی مواجه کند، مهمترین دلیل آن مشکلات ساختاری است که بایستی بسیار پیشتر از این با انجام اصلاحات اقتصادی حل و رفع می‌شد. وابستگی کامل به درآمدهای نفتی از یک سو و نقش و سهم اندک بخش خصوصی در اقتصاد که به‌واسطه حضور گسترده بخش دولتی و خصولتی جایی برای آن باقی نبوده، از جمله مشکلات ریشه‌ای اقتصاد ایران است که نیازمند تحولاتی وسیع است که تنها با جراحی اقتصادی در تک‌تک بخش‌ها اما بصورت همزمان این تغییر ساختار می‌تواند موثر باشد.
در خصوص ضرورت انجام اصلاحات اقتصادی علاوه بر اقتصاددانان فعالان اقتصادی هم بارها سخن گفته‌اند و به گواه تحلیل‌گران اقتصادی، اقتصاد ایران نیازمند جراحی عمیقی است. با این حال از شروط لازم این اصلاحات، حضور پُررنگ‌تر بخش‌های غیردولتی و خصوصی در کنار نهادهای دولتی است. در این رابطه سید حسن حسینی شاهرودی سخنگوی کمیسیون اقتصادی مجلس شورای اسلامی معتقد است: ما بنیان و اساس نهادهای عمومی و غیردولتی را در اغلب حوزه های مهم کشور داریم ولی مشکل اساسی همه این نهادها در این است که در آخر وابسته به دولت هستند و به معنای واضح تر حضور بخش خصوصی را در نهادهای تنظیم گر کم تر می بینیم. البته آنجایی هم که به موجب قانون، بخش خصوصی باید در رگولاتوری سهم داشته باشند، قانون به درستی از سوی دولت ها اجرا نشده است.
بعنوان مثال در سازمان تامین اجتماعی که یک سازمان مردم نهاد است که بیش از 40 میلیون نفر سهادار دارد و باید نظام کارفرمایی و کارگری و دولتی به صورت هماهنگ بر آن حاکم باشد، همچنان بصورت نظام تک محوره دولتی اداره شده و در اختیار دولت است و اعضای هیات مدیره ومدیر عاملانش از سوی دولت منصوب می شوند. متاسفانه این رویه در سایر بخش های کشور اعم از وزارت نفت، نیرو و همچنین اقتصاد کشور نیز پیاده می شود که اشکال اساسی این روزهای صنعت کشور نیز هست. اینجاست که ضرورت اصلاح ساختاری نظام اقتصادی کشور احساس می شود که البته لازمه این کار وجود نهادهای تنظیم گر مستقل است.
به اعتقاد حسینی این اصلاح ساختاری باید در همه بخش های درگیر اقتصاد همگام با هم پیش برود. برای مثال اگر اصلاح را در وزارت نفت پیگیری می کنیم باید همزمان در امور مالیاتی و بانک مرکزی نیز اصلاح ساختاری پیاده شود. اما اولین گام برای اصلاح، تشکیل یک نهاد تنظیم گر است که هیچ وابستگی خاصی به طرفین دولتی یا بخش خصوصی نداشته باشد. بعد از آن است که می توان ادعا کرد سیاستگذاری های انجام شده توسط این نهاد رگولاتوری در اصلاح ساختاری قابل اجراست.
از سویی دیگر در هر اقتصادی وجود تشکل های خصوصی و حضور قدرتمند این نهادهای غیردولتی می تواند از دولتی شدن بخش های مختلف صنعت و اقتصاد جلوگیری کند. طبق تعریف قانون گذار، تشکل های مردم نهادی همچون، اتاق های بازرگانی، اتاق اصناف و نظام مهندسی می توانند نقش ویژه ای در حمایت از بخش خصوصی ایفا کنند. البته شایان ذکر است تشکل های مردم نهاد در اغلب حوزه ها کم و بیش حضور دارند اما در صنعت نفت جای این مورد خالی بوده و به شدت احساس نیاز به وجود چنین تشکل هایی در حوزه نفت و فرآورده های نفتی می شود.
باوجود چنین نهادهایی است که نقش دولتی‌ها در اقتصاد کشور کم‌رنگ‌تر شده و از رانتی که دولت برای خود ایجاد کرده و به تبع آن به نهادهای عمومی غیردولتی نیز دست اندازی کرده است، بکاهد. در این صورت است می توانیم انتظار رقابت سالم میان بخش خصوصی و دولتی و در نتیجه رشد اقتصادی را داشته باشیم.