این بیمارستان در آغاز دهه گذشته و بنابر وصیت مرحوم سید محمد گرامی، مرد خداباوری که در زمان حیاتش با تمام وجود به اسلام، کشورش و ملت بزرگ ایران عشق می‌ورزید، با نیت پاک برخوردار نمودن نیازمندان حقیقی از خدمات درمانی ویژه با کیفیتی جهانی به‌صورت خیریه بنیان‌گذاری شد که یکی از بزرگترین پروژه‌های خدمات درمانی کشور است.
ساخت بیمارستان مهدی کلینیک از مردادماه سال ۱۳۹۱ با امضاء تفاهم‌نامه ساخت و بهره‌برداری مهدی کلینیک در مجتمع بیمارستانی امام خمینی بین خانواده خیر گرامی و دانشگاه علوم پزشکی تهران وارد مرحله عملیاتی شد. از آن تاریخ کار طراحی بیمارستان ۱۰۰۰ تخت‌خوابی با همکاری گروه اقتصادی گلستان و برآورد هزینه‌ای معادل ۱۱۰ میلیارد تومان در زمان عقد قرارداد، آغاز گردید و در ادامه این تفاهم‌نامه، با قراردادی در چارچوب اسلامی وقف و خیریه جایگزین شد.
در این قرارداد مقرر شد که خانواده نیکوکار گرامی طی مدت ۴ سال بیمارستان مهدی کلینیک را تکمیل و پس از آن در چارچوب قرارداد مکملی در خصوص وقف خاص مهدی کلینیک به نام دانشگاه علوم پزشکی تهران و تولیت این بیمارستان از سوی واقف اقدام نماید. در تیرماه سال ۱۳۹۲ موسسه خیریه یاوران مهدی، به عنوان موسسه‌ای غیر دولتی، غیر سیاسی و غیرانتفاعی که مقرر بود وظائف تولیت مهدی کلینیک را پس از وقف خاص آن عهده‌دار گردد، به ثبت قانونی رسید.
با استقبال همه جانبه وزارت بهداشت و درمان و با هدف عالی حمایت همه جانبه از تحقق بزرگترین خیر در سلامت کشور، هیات وزیران ۲۰ روز پس از ثبت موسسه خیریه یاوران مهدی، بر برجستگی و استثنائی بودن این حرکت بزرگ مهر تائید نهاد و با قبول کمک خانواده خیر گرامی از طریق موسسه خیریه یاوران مهدی برای ساخت بیمارستان مهدی کلینیک، بزرگترین پروژه بخش بهداشت و درمان، و فعالیت خیریه و عام‌المنفعه موسسه یاوران مهدی رسمیت یافت. سرانجام در شرایطی که فرایند ساخت‌وساز مهدی کلینیک به سرعت به پیش می‌رفت، وزارت بهداشت و درمان و آموزش پزشکی در مهرماه سال ۱۳۹۲ بیمارستان مهدی کلینیک را با همین نام مورد تایید قرار داد.
با این پیشینه تاریخی امروز پس از فراز و نشیب‌های فراوان در مسیر تکمیل و بهره‌برداری بیمارستان ۱۰۰۰ تخت‌خوابی و تحقق آرمان بزرگ بهره‌مندی هر چه بیشتر نیازمندان از خدمات درمانی، بیمارستان مهدی‌کلینیک در روند تکمیل ظرفیت‌های بخش سلامت کشور، با همت متخصصان و پیمانکاران توانمند ایرانی با همکاری وزارت بهداشت، دانشگاه علوم پزشکی تهران و مجتمع بیمارستانی امام خمینی، وارد فاز بهره‌برداری شده است و اکنون زمان استفاده حداکثری از ظرفیت‌های مردمی، توافقی و قانونی این نعمت بزرگ در مدیریت بهره‌برداری آن نیز فرا رسیده است و امید است با احترام به الگوی برخاسته از باورهای اصیل دینی جامعه، شاهد تجربه‌ای متفاوت در بهره‌مندی یک بیمارستان استثنائی در کشور عزیز اسلامی باشیم.